Både Consensus och Pan PCR följer samma rutinprocedur. Den viktigaste skillnaden mellan konsensus-PCR och Pan-PCR är dock baserad på primermålen som varje procedur använder. Medan konsensus-PCR alltid riktar sig mot konserverade regioner, riktar sig en Pan PCR till variabla regioner för att identifiera olika stammar i en grupp.