beställa omvänd primers

1. Hur beställer du omvänd primers?
2. Hur väljer du primers framåt och bakåt?
3. Hur läser du en omvänd primer?
4. Hur väljer jag en primer för sekvensering??
5. Vad är den omvända grundfärgen?
6. Behöver du primers framåt och bakåt för sekvensering?
7. Varför behöver du primers framåt och bakåt i PCR?
8. Hur man designar en primer manuellt?
9. Varför kräver olika primers olika glödgningstemperaturer?
10. Vad är omvänd komplement?
11. Skulle PCR-primers vara komplementära till varandra?
12. Må primers vara lika långa?

Hur beställer du omvänd primers?

För en omvänd primer: skriv komplementsekvensen för 3'-änden av sensmallen, vänd den så att den kan läsas som 5'-3 'och lägg till vilken extra sekvens som helst i 5'-änden av denna primer. Således, för exemplet som ges ovan, kommer 5'-3'-modet för den omvända primern att vara: 5'- NNNNNNNNN-CTCTAGAATCCTCAA-3 '. Det är enkelt, eller hur??

Hur väljer du primers framåt och bakåt?

Primer för framåt och bakåt bör vara cirka 500 bp isär. Primerns 3'-ände bör vara en G eller en C. Den genomiska sekvensen som kommer från datorn är bara en sträng; den kompletterande strängen visas inte. För den främre primern kan du använda sekvensen direkt.

Hur läser du en omvänd primer?

Eftersom primers läses och skapas av människor måste vår omvända primer skrivas från början till slut. Detta kallas "omvänd komplement" för den övre strängen. De 4 baserna som binder till 3 'i den övre strängen är TCGC. Men kom ihåg att primern börjar vid 3'-änden så att den ska läsas som CGCT.

Hur väljer jag en primer för sekvensering??

Här är några saker att tänka på när du utformar dina egna grundfärger.

1. Primerlängden bör ligga mellan 18 och 22 baser.
2. Primern bör ha GC-innehåll på 50% till 55%.
3. Primers bör ha ett GC-lås i 3'-änden.
4. Smälttemperaturen för vilken som helst bra grundfärg bör ligga i intervallet 50 ° C till 55 ° C.

Vad är den omvända grundfärgen?

Primers är korta sekvenser av enkelsträngat DNA som markerar båda ändarna av målsekvensen. ... Den främre primern fäster vid startkodonet för mall-DNA (antisenssträngen), medan den omvända primern fäster till stoppkodonet för den komplementära DNA-strängen (sense-strängen).

Behöver du primers framåt och bakåt för sekvensering?

Vanligtvis kan den främre eller bakre primern som används för PCR-reaktionen användas i sekvenseringsreaktionen. ... Vi rekommenderar två sekvenseringsreaktioner för varje fragment av intresse för att säkerställa dubbelsträngssekvensering av fragmentet. Dataanalys är inte helt korrekt för de första och sista 25 baserna i sekvensen.

Varför behöver du primers framåt och bakåt i PCR?

Två primers, främre primer och reverse primer, används i varje PCR-reaktion, som är utformade för att flankera målområdet för amplifiering. ... Den främre primern binder till mall-DNA, medan den omvända primern binder till den andra komplementära strängen, som båda amplifieras i PCR-reaktion.

Hur man designar en primer manuellt?

Med hänsyn till informationen ovan bör primers i allmänhet ha följande egenskaper:

1. Längd 18-24 baser.
2. 40-60% G / C-innehåll.
3. Börja och avsluta med 1-2 G / C par.
4. Smältpunkt (Tm) av 50-60 ° C.
5. Primerpar bör ha en Tm inom 5 ° C från varandra.
6. Primerpar bör inte ha kompletterande regioner.

Varför kräver olika primers olika glödgningstemperaturer?

I lägre temp kommer en partiell matchning mellan primern och mallen att vara tillräckligt stabil och du skulle få förstärkning från fler platser. Ju högre temperatur som primern kräver längre kompatibel sekvens för att binda till och som ett resultat blir din specificitet högre.

Vad är omvänd komplement?

Omvänd komplement. Omvänd komplement konverterar en DNA-sekvens till dess omvänd, komplement eller omvänd komplement. Du kanske vill arbeta med omvänd-komplementet till en sekvens om den innehåller en ORF på den omvända strängen. Klistra in den råa eller FASTA-sekvensen i textområdet nedan.

Skulle PCR-primers vara komplementära till varandra?

NEJ! De två primers som används i PCR bör inte vara komplementära, annars glödgas de till varandra och bildar en "primer-dimer". Om en primerdimer finns i PCR-reaktionen kan DNA-polymeras förstärka primerdimeren, som konsumerar PCR-reagens och potentiellt hämmar amplifieringen av mål-DNA.

Må primers vara lika långa?

1. Primerlängd: Det är allmänt accepterat att den optimala längden på PCR-primers är 18-22 bp. Denna längd är tillräckligt lång för adekvat specificitet och tillräckligt kort för att primers lätt kan bindas till mallen vid glödgningstemperaturen.